近年來館內蝠魟、鯨鯊、白鯨等大型海洋生物死亡事件頻傳、被台灣動保團體直指為「海洋生物墳場」的台灣屏東國立海洋生物博物館，成立於民國89年，由台灣政府引進民間人力及資金，透過公開競標方式授予民間企業「海景公司」經營權，是台灣第一個公私合營OT(Operate-transfer)與BOT(Built-Operate-Transfer)的特殊經營案例。
這樣的經營模式，在當年被當政者津津樂道。一個以海洋研究為基礎、藉文化觀光及休憩營運策略，吸引觀眾參與，以推動所謂的環境與海洋生態保育工作的公立博物館，在政府機關預算和財政緊縮的經費壓力之下，讓商業單位介入經營，所得盈餘則以回饋金方式資助館方營運和業務發展的高額費用；而在台灣的野生動物保育法規範下無法在野外捕捉野生海豚的商業團體，則利用了國立海生館的公部門角色，在「教育」、「研究」之名的保護傘之下，得以順利自俄羅斯引進十隻小白鯨作為展示表演用。這個看似完美無缺的合作角色與互惠關係，卻造成了海生館十年內死掉「鎮館之寶」鯨鯊與七隻白鯨的悲劇。而至今仍有人罔顧動物的死亡率和痛苦，繼續讚揚這種弔詭的合作模式為空前的成功案例，真是令人不勝唏噓。
所謂「成功」的合作模式，是指成功遮掩了海景公司以商業娛樂為目的讓白鯨表演合法、合理化，「成功」吸引群眾前往接受荒謬的生命教育；還是認同海生館為了有足夠的回饋金來增加營運資金、建立三館，甘為商業背書，以研究和教育之名引進白鯨、鯨鯊等大型海洋生物，館方人員卻沒有從事圈養物種相關研究的人員，而海景公司以畸形且不對等的25年合約，「成功」綁架了海生館，出了事有公部門當擋箭牌，讓脣寒齒亡的海生館也敢怒不敢言?
公私合營的經營模式如意算盤打得好，隨著時間過去，卻造成了公部門失能、業者坐大、動物遭殃的荒腔走調，成為台灣動保團體緊追不放的抨擊焦點，更甚至引起研究生以《國立海洋生物博物館公共關係策略之研究—以白鯨爭展示爭議為例》作為碩士論文專文討論。該研究者在論文中提到:「國立海生館OT與BOT的經營架構，與一般單純以社會公益為目的的政府機構或商業營利為目的之私人企業性質不盡相同。館方透過合約、法令、評鑑、監督來規範海景的發展和活動。另一方面，館方也依賴海景提供或合作書送服務。除了委託經營法律合約，公私雙方的合作常常是基於彼此的默契…」(徐順利，2008) 事實上，這種所謂基於默契的合作，本身就是荒謬的；當公部門與商業團體之間有相互依賴的關係時，我們很難期待公部門還能公正地扮演本來該有的監督角色。
以海景公司在2013年也放鯨鯊失敗導致動物死亡的例子來看，該公司將鯨鯊視為牟利工具吸引民眾觀賞，卻未曾顧及動物福利亦沒有設定退場機制，造成鯨鯊體型過大增加野放難度，終至動物痛苦死亡，引起社會大眾撻伐。如這般重大的工作缺失，海生館卻未列入缺失或違約事項。面對動保團體砲火隆隆的質問，館方才回覆受限於當年的契約中並未附有懲罰條款，無法以合約條款對海景公司提出懲罰！
可見，海生館將經營權交給海景公司之後，只能憑25年前的不對等合約去要求對方，卻一絲制約的力道都沒有，只因為沒有明訂罰則；合約書中兩造之間的權利義務關係不平等，難怪每次出事海生館公部門備受砲火抨擊，卻只得出來陪罪道歉自請處分，但對於池內動物的生存品質卻依舊沒有辦法得到具體的改善，動物屬於海景公司的私有財產，在該公司不願意投入照護成本的利益考量之下，動物仍然一隻接一隻地死亡。
而以2014年10月死亡的第七隻白鯨的例子來看，海生館當初以研究、教育為名、吸引遊客為實，讓海景公司引進白鯨，是台灣唯一圈養白鯨的場域。養了十年，白鯨死亡七隻，卻沒有生產出半篇關於白鯨行為研究的論文，僅以每日的基礎健檢抽驗數據發表寥寥數篇血液相關的統整報告充數，館內對於白鯨的「教育」更成為生命教育的負面教材，卻號稱國家級的研究教育單位，令人難以置信之餘，更為了這些動物在人類利益薰心之下的犧牲感到痛惜。
公私合營博物館的運作模式結果，昭然若揭。
對於海生館在其他海洋生物領域的研究成果、館內豐富的展示和體驗設計推進國人對於海洋環境的認知，固然是一個海洋生物博物館所展現的重要功能；但若是繼續受限於畸形的合約，無法跳脫被商業綁架的價值觀，不展現出公部門監督的魄力罔顧園內動物的痛苦，這種「成功」不過是淪為知情者口耳相傳的笑話罷了。
