爭議一：
「生態島」為解決垃圾問題的「唯一選擇」？
垃圾處理有何長遠政策？只能填海造島？
政府
強調現時唯一的建築廢料堆填區已達飽和狀態，情況嚴峻。建設「生態島」是「迫在眉睫」。
「生態島」將有效解決城市廢料處置問題。
市民、立法會議員
市民：填海造島不應該是解決堆填區「逼爆」問題的唯一選擇。
直選議員林宇滔：本澳堆填區早已飽和，而政府曾在二〇一五年提出計劃在堆填區興建篩選設備，將澳門的惰性拆建物料運送到內地作填海或再利用，現時進度如何？
另外，在二〇二一年推出建築廢料收費制度後，是否有效減少本澳惰性拆建物料？現時當局對建築廢料的處理方式有否成效？
當局應用盡一切辦法源頭減廢、篩選重用方式，避免填海置廢，長遠更應以零廢為目標。
香港海豚保育學會
澳門不需「生態島」，建築廢料經篩選後，可運到內地回收。
以內地及香港處理建築廢料經驗，興建建築廢料篩選設施會更有效解決問題。
據內地環保公司回覆，一個廢料篩選設施只需0.4公頃 造價330萬元（人民幣），建四個則可以處理澳門一年產生的大部份建築廢料，但源頭減廢仍是最重要。
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爭議二：「生態島」選址亦只能得一個？
政府
賀一誠二月九日受訪時指出，「生態島」的選址建議「是中央有關部門研究出嚟嘅成果」。
環保局局長譚偉文強調，現時澳門管轄水域範圍內「可以選擇嘅位置亦都唔多」，不少位置涉及航道及機場跑道。
環保局網頁介紹生態島選址：考慮到澳門管理海域的使用現況，以及澳門處於珠江口西面，被一條排洪、排沙線所制約，生態島的選址實際上受到許多制約。經研究後對比多個方案，目前選址之可行性為最佳。
立法議員
直選議員林宇滔：「生態島」選址在路環以南一公里的根據是什麼？要求政府交代有關調查數據或研究報告以支持其選址決定。
當局應考慮其他對生態影響較少的位置，如A區填海區以東、港珠澳大橋人工島以南的水域，並將人工島面積減到最少。
香港海豚保育學會
若澳門肯建廢料篩選設施，現時的堆填區附近的空地便能又起十多個設施。
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爭議三：
「生態島」對中華白海豚影響輕微？
政府
譚偉文稱，中華白海豚集中活動的地方為機場跑道南端，並非「生態島」選址海域，故對其影響輕微。
他又稱，「生態島」對出八公里外有一個中華白海豚保護區，那裡才是中華白海豚主要活動的地方，並認為有這個保護區就足夠了。
據環保局資訊，「生態島」只佔珠江水域中華白海豚的活動範圍面積不到0.2%。
民間團體、立法議員、生態保育人士
Facebook專頁「生態股長」：在「生態島」選址海域中，短短一小時就記錄並拍攝到五條中華白豚。
九澳山龍爪角－橫琴婆尾的海域，是中華白海豚的重要遷移棲息地。
環保局所繪圖中的「白海豚遷移廊道」與生態島位置不重疊為不科學且具誤導成份。根據中山大學二〇二二年的珠江口白海豚相關研究論文指出，大部分白海豚的活動範圍集中在近岸五公里的淺水海域，而並非如政府宣傳圖所示在被擴闊了兩倍的離岸10公里範圍。
多方數據證明，這條近岸且貫穿「生態島」的狹長水道，是連接珠江口兩大白海豚族群的主要遷移走廊，進行填海會造成毁滅性打擊是鐵一般的事實！
傳新協會：當局應將本澳機場東南部至路環南部最少三成、相當25.5平方公里的澳門水域劃入海洋保護區，並制定清晰的管理方案落實保護，以符合「二〇二六年要保護九成以上白海豚棲息地」國策目標、「二〇三〇年內保護三成海域」國際公約義務。
香港海豚保育學會、中山大學中華白海豚研究報告（下稱報告）
學會：於本澳海域傾倒垃圾可能致有毒淤泥令初生海豚夭折、魚群聚集處水質差使海豚難以覓食。
「生態島」計劃將可能破壞海豚重要覓食地、阻擋海豚移動走廊、鄰近棲息地／保護區退化萎縮、生態影響不可逆轉且不可接受、存在環境評估漏洞等。
香港港珠澳大橋人工島比「生態島」更小，但填海後白海豚不單絕跡於填海範圍，更不再靠近填海位置方圓超過6公里的活動範圍，影響範圍是填海範圍約30倍！
本澳三成海域應劃設白海豚自然保護區。
報告：澳門管理水域是伶仃洋和磨刀門中華白海豚核心棲息地的唯一重疊區，因此也是維持整個珠江口中華白海豚族群穩定和物種保護最重要的水域。
澳門整個海域對海豚的生存都很重要。
「在澳門海域鑑定到至少144隻白海豚個體［⋯］儘管中華白海豚對該水域的使用率近年有所下降，但海豚仍有規律持續出沒，因此澳門管理水域對中華白海豚依然具備重要的生態價值。」
澳門應設立一個面積超過36平方公里的白海豚保護區。
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爭議四：
「生態島」不會對海洋生態造成污染？如何確保？
政府
政府部門堅稱「生態島」不會對海洋生物和環境產生影響。
立法議員、市民
「生態島」項目也使人擔憂影響泳客和在黑沙海灘進行水上活動人士的健康。
香港海豚保育學會
「生態島」除了建築廢料外，煤渣和飛灰也將被棄置在該地點。飛灰中通常含有數十種重金屬。
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爭議五：
政府已劃定「海洋保育區」並一直十分關注海洋生物保育工作？
政府
政府稱在開發海域及考慮總體角度而言，澳門處於河口地帶，海域面積細小、水深條件有限，不具備劃定大面積海洋保護區的條件，以及需要和鄰近地區互相協調。
海事及水務局局長黃穗文表示，特區政府一直十分關注海洋生物保育工作，亦與廣東省建立中華白海豚資料通報機制，共同保育大珠三角中華白海豚生態系統。
立法議員、生態保育專頁
直選議員林宇滔：當局諮詢文本中所劃定的「海洋保護區」面積未能滿足聯合國《生物多樣性公約》及國家農業部相關要求。
專頁「生態股長」：市民在成年江豚屍體在竹灣海灘被發現一事，有關當局沒有按一貫做法即日公佈，此一作法並不尋常，未知是否與「生態島」爭議有關。
香港海豚保育學會、中山大學中華白海豚研究報告
報告：中山大學研究團隊起碼兩次建議在澳設立白海豚保護區。
在過去十年中，珠江口已成為全國最受污染的河口，生態指數已被歸類為不健康。研究報告稱：「有研究表明每年有大量的含重金屬、有機污染物及抗生素的廢水排入珠江口水域（…），經由皮膚、攝食等途徑進入中華白海豚體內」。
學會：現劃分「海洋保護區」僅少許重疊海豚棲息地，海豚核心棲息地未受保護。
在海豚保育方面，澳門政府既沒有相應政策、亦沒有負責部門，無法有效規範海豚死因分析、解剖等事宜。
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爭議六：
目前數份由特區政府委託進行的《澳門管理水域中華白海豚調查報告》、「廢棄物處置用海區」等環評報告均未有公開，理由何在？
政府
有議員向政府索取市政署曾於二〇一八及二〇二〇年委託專業機構進行的《澳門管理水域中華白海豚調查報告》，但以「知識產權協議」而被拒，稱需徵得市政署及合作單位同意。並將該批報告列為「機密」。
立法議員
林宇滔批評有關條款「妨礙」公眾知情權，同時「令部門更傾向引用報告個別數據內容，難以全面反映整體報告的調查結果」。
香港海豚保育學會
澳廣視葡文台取得此項政府拒絕公開的《澳門管理水域中華白海豚調查報告（2020-2021）》，並將調查重點公開，一一列出官方強推「生態島」填海的說法中與報告結果差異之處，以證澳門水域對海豚生態十分重要。
澳門環保學生聯會及香港海豚保育學會早前在澳舉行分享會，探討白海豚保育與固體廢料處理。參與者在分享會上跟主辦團體人員學摺紙海豚。
