新校區造價嚴重超支近一倍
2013年1月，審計署披露橫琴澳大新校區造價最初估算58億元，後因設計調整、通脹等，粵澳雙方簽署「補充協議」，訂定98億元「封頂」，但短短四個月時間即「破頂」，最終造價達102億元，引起社會嘩然。審計署發現建設辦對相關工程投資估算訂定的考量及檢視不科學，一味靠「估」，單單河底隧道的造價便由估算5億元超支3倍，最終造價達20億元。
1.5億元校區設計疑鬧「雙胞」
2013年1月底，團體「澳門良心」發現，設計費用逾1.5億元的的澳大橫琴校區設計竟與國內南京審計學院非常神似，且設計師均為中國工程院院士何鏡堂，引發「一稿兩投」的嫌疑。事發後，何鏡堂沒有來澳接受不同傳媒的提問，只接受了《澳門日報》專訪，他稱有關指控是「別有用心」，誹謗他及其設計團隊，亦是對其人格污衊，感到相當氣憤，強調再受到污衊會保留法律追究權利。澳大校長趙偉則表示，他個人不評論兩校設計是否相似。
涉嫌打壓學者言論及學術自由
2013年11月，澳大政治學副教授仇國平疑因參與社運及平日言論「行罪」建制派而遭受政治打壓，被校方提起紀律程序，最後被罰停薪停職24日及無理解僱。對於仇國平被炒，澳大校長趙偉一直不肯公開紀律程序報告，卻又不只一次不點名批評仇在教學上「政治不中立」，以及時有小道消息指仇國平在課堂上煽動學生，又強迫學生參與靜坐，絕食及遊行等等社會活動。後來仇國平披露長達53頁的機密文件，指校方對其提起的紀律程序，漠視程序公義，違反多項校內規章。文件亦指出校方曾傳召20名學生作供，但全部人都指仇國平並沒有強迫學生參與校外活動，只是認為仇的教學較為嚴格。
暴力驅逐記者及舉牌女畢業生
2014年6月，澳大畢業禮上，一名女學生舉起寫有「支持學者發聲」的紙牌，被保安強行驅逐離場，連正在採訪的《愛瞞日報》記者也被強行拖走，致使頸部受傷，又發新聞稿指記者及該名女學生『不配合大會安排』、『干擾現場秩序』。事件惹起公憤，有目擊事件經過的學生挺身力證澳大「擘大眼講大話」，粗暴打壓學生表達自由；澳門傳媒工作者協會三度發聲明要求澳大停止將記者污名化，並促澳大公開道歉；社交媒體上亦發起簽名譴責行動，要求澳大公開道歉及與校友對話。澳大校長趙偉及管理層急召多個學生團體解釋事件，趙偉承認處理手法有不足之處，但沒有道歉，又反問學生︰校方需要為何事道歉？向誰道歉？
橫琴澳大成偷渡熱點
澳大橫琴校區自去年7月20日起交由本澳管理後，新校區儼如大陸「翻牆」偷渡新熱點，黑市價更飆至每人每次1萬-2萬元人民幣，司警亦曾偵破有校內保安及治安警員裡應外合，至少安排七人偷渡來澳，涉及款項過百萬元。2014年10月，保安司辦公室指，去年7月20日至今年9月，澳門海關共截獲24宗非法入境案件，合共遣返49人。保安司司長張國華表示，兩地已加強巡邏，而校方會加固校區圍牆，未來還會加裝紅外線探測器及中央監控鏡頭等設備，冀防再有偷渡發生。
甲醛超標損學生健康
2014年9月，澳門大學橫琴校區有學生懷疑因甲醛超標引起過敏、脫髮等健康問題。有學生自行購買檢測儀，發現部分房間的衣櫃和書枱甲醛濃度分別超標4.6倍和14.8倍。有學生收到校內郵件指校方將檢測宿舍空氣質素，計劃聯同學生代表及校外獨立機構到書院房間檢測空氣，若發現空氣質數指低於標準，會安排學生臨時轉換房間。
校園爆出性騷擾 校方涉隱瞞學生
2014年10月，橫琴澳大被爆性騷擾事件，涉事教職員停職12天了事，令社會嘩然。事件引起學生關注，但澳大用法律做「擋箭牌」拒絕交待進一步詳情。學生不滿校方對涉及性騷擾的內地助理教授從輕發落，沒有公佈其身份，沒有開除，只是停薪休假，反而協助受害人的女教授更疑被嚴重排擠及報復。
後來，澳大先後兩次急召學生解畫，校長趙偉首次透露案情，指有教授「抱了女生一下」，強調對性騷擾「零容忍」，但涉案教員卻只是罰款了事。學生不滿校方解釋，指澳大在學年初曾經向教職員公佈事件，卻沒有向學生解釋，質疑校方有意隱瞞學生。澳大社科院助理院長林玉鳳則表示，現正處理另一宗教職員涉性騷擾學生的案件，但基於紀律程序進行中，不可透露更多資訊，而校方正起草關於預防性騷擾的內部指引。
資料來源︰論盡媒體、市民日報、東方日報、太陽報、正報、澳門日報、橙報
造價逾百億的澳大橫琴校區，負責該項目建設辦被審計署插爆其估價一味靠估，最終造價嚴重超支近一倍。
澳大橫琴校區自去年7月交由本澳管理後，新校區儼如大陸「翻牆」偷渡新熱點。（圖片來源︰橙報）
