立法會第三常設委員會現正細則性審議修改《司法組織綱要法》法案，當局在法案中建議未來涉及國家安全的案件，將由法官委員會在中國籍法官中預先指定的法官進行審理。早前曾經就法案向法務局遞交意見的澳門律師公會就認為，此舉將會嚴重影響司法獨立原則及自然法官原則，認為應該刪除相關條文。
律師公會在其意見中指出，自然法官原則旨在確保司法行政的獨立、訴訟主體和社會信任公正無私，以及各法院的實質準則。這原則可理解為，為確保審判公正無私，禁止隨心所欲地指定某一法官或某一法院審理某宗案件。但當撇除了一些法官，那就沒有遵守自然法官原則。而且，指定法官審理的做法，嚴重動搖市民對司法體制的信任。
公會亦質疑，如何能夠將一支類似「特別司法官的團隊」視為已遵守這些原則（刑法上的合法性原則、有效司法保護原則、法治原則、適當原則）？強調為某些法官訂定那種特殊身份，便會損害了《基本法》第19條、第83條規定的司法立原則及公正無私原則。而且，指定少數法官等同設立一種特別法院或法庭，這是《基本法》第85條所不容的。而且，《基本法》的立法者僅規定終審法院院長及檢察院院長須為中國籍，無意對擔任司法系統內某些職位訂出限制。按照罪狀而訂定案件可轉移的話，最終可能導致自然法官原則不再是指導澳門特別行政區司法系統的原則的核心內容。
公會亦指，確保法官的平等及獨立性為眾多法律體制所關注，並透過《司法機關獨立的基本原則》的採納而獲得國際上的認同。上述原則在第7屆聯合國預防犯罪和罪犯待遇大會上通過，相關文件亦獲得聯合國大會的一致通過，建議各國政府在其國家立法和實踐中應尊重並考慮到這些原則的規定。而《基本原則》第5點亦規定，人人有權接受普通法院或法庭按照業已確立的法律程序的審訊。不應設立不採用業已確立的正當法律程序的法庭來取代應屬於普通法院或法庭的管轄權。第14點也規定，向法院屬下的法官分配案件，是司法機關的內部事務。
法案不增終院法官編制 公會：司法體系整體潛力發展繼續受制
另一方面，法案亦建議增加初級及中級法院的法官，但就不增加終院法官編制。公會指，因應進入法院的案件數量急增及待決訴訟程序數目的提升，一直認為有必要擴大終審法院法官的編制。並提出，終審法院的法官編制須由3名增至7名，以確定委任或合同方式作出。若是如此，最少可組成兩個分段，而對行政長官進行倘有的審判時亦可以全會方式作出。公會強調，若不擴大終審法院法官的編制，則司法體系的整體潛力發展會繼續受到制約。當與其他司法管轄區，包括地理上最靠近的地區相比時，這種司法見解發展上的僵化會使本澳處於不利的位置。
修改《司法組織綱要法》的法案亦建議，因應各個審級法院的工作需要，法官委員會可命令任何法官以兼任方式擔任職務，相關法官有權收取附加報酬。公會認為，需要適用上述規定的準則、通過及公示兼任命令的方式，好讓此規定的確實性和提升透明度的兩項原則被遵守。
