澳大近年多事之秋，仇國平被炒、教授抱抱事件、系主任涉嫌性騷擾學生事件尚未平息之際，審計署公佈《澳門大學員工宿舍制度、於珠海設立研究院、籌備發展基金》專項審計報告，揭露澳大校政三大漏洞，批評澳大校董會管理失當，將澳大屬下發展項目由公轉私，澳大近8億捐款轉入校董名下私人基金，令澳大無權對項目進行監察及管理，另外澳大宿舍分配給持有本地物業的教職員，與現行法律有悖，浪費公帑再捱批。
八億基金無王管 澳大無權過問
「澳大發展基金會」從09年成立到2013年期獲得高達7.76億社會捐款，連同投資及其他收入，至今淨資產累積至8.22億。但審計報告指出，「澳大發展基金會」只是由澳大4名校董以個人身份註冊成立，除了名字與澳大有關，澳大是受益人，法律上基金會與澳大再無任何關係。審計署批評澳大採用「私法人」的形式設立基金會，令澳大無法對基金會進行監督及控制，亦無權干涉其運作，將捐款交予一個與澳大沒有法律關係的基金會進行管理，增加了澳大在捐款管理及使用上的潛在風險。
澳大解釋捐款基金「公轉私」是希望捐款能跨年度不斷滾存，方便制訂投資計劃，更符合效益，而非像澳大及其他公法人一樣，預算具時限性，一旦未能在當年使用便須納入備用金撥款項目，所得捐款亦不能用於投資。 然而，審計署並不認同這做法，認為現行模式風險高，基金會倘若發生任何問題，澳大亦無權監管。
審計署建議，澳大可直接根據《民法典》成立基金會，或通過立法以自治機構模式成立基金會，令澳大有更多保障，亦能在章程中明確由澳大成員當然兼任或提名部分機關成員，便可進行投資，將資產帶入下年使用，認為澳大有必要改變，確保澳大的長期利益。
珠海澳大研究院公變私未有向校董會報告
另外，早年澳大希望在內地設立科研基地，提升教學人員的認可地位及知名度。澳大校董會在2011年8月24日通過以獨資有限公司的形式在珠海設立科研基地，但研究院最終以澳大3名教職員私人身份註冊成立，未有即時向校董會報告。直到審計署在2014年發出觀察報告後，澳大才於2014年11月向校董會報告研究院的實際情況。而珠海澳大研究院已向內地不同單位申請研究經費，至今獲批合共200多萬元人民幣。
報告指出，以個人名義設立的民辦非企業單位模式，雖然研究院以「澳大」作為其名稱，但在法律上，澳大與研究院不存在任何關係，亦不具備監管及控制研究院的權利，更不擁有研究院資產，若研究院作出任何不當行為，澳大亦難以制止有關行為，或向研究院提出訴訟。
審計署批評，澳大作為公法人，指派員工在法律上沒有關係的私法人擔任職務，欠缺法理依據。若日後出現重大利益衝突時，難以確保研究院所有成員遵從澳大指示，澳大亦欠缺有效的法律途徑去主導或制止章程的修訂，無法制止董事會執行不適當的決議，亦無法更換機關成員，變相令澳大只能被動接受上述情況。另外，由於研究院資金來源涉及公帑，及由研究院籌集所得，日後若出現不符效益、不適當、或不規則情況下，將對澳大的長遠利益及聲譽構成負面影響。
澳大員工宿舍多 有樓無樓照分配
審計報告披露，據《澳門大學人員通則》規定，澳大除了為住宿式書院工作人員提供免費住宿外，亦讓其他教員及職員申請租用宿舍，租金為其月薪的4%。資料顯示，截止去年5月31日，獲批入住宿舍的217人中，有32人擁有自置住宅物業，當中5人更持有2個物業，有部分人獲澳大分配宿舍，但同時又有經屋或社屋，與現行公屋法例有衝突。
報告重申，澳大建築群由公帑興建和營運，在資源運用上需按照《預算綱要法》善用政府公共資源的原則，與其他公職人員申請房屋分配的權利一視同仁，不論是申請人或其家團成員，皆不能擁有已獲政府分配的房屋或在澳門自置房產。 審計署批評，澳大容許已自置物業的職員入住宿舍，做法明顯與政府政策相違背。
報告總結時指出，審計結果反映澳大在資源運用方面，與善用公帑原則相違背，令個別設施及業務運作未能發揮應有效益，並存在不必要風險。審計署建議澳大必須對自身管理行為負責，按照謹慎使用公帑原則，確保日後能善用公共資源。報告同時指出，儘管澳大擁有一定自主權，但在使用公共資源時應審慎考量，合理分配，避免濫用資源或權力，向社會各界及莘莘學子樹立良好榜樣，並應加強法律意識，重視公共機構行之有效的工作常規，盡量作出妥善而便於監管的安排，排除各種潛在風險。
至於私設內地研究院一事，澳大回應指，已在2014年12月1日與珠海澳大研究院簽訂新協議，在法律上保障澳大對研究院的監察及控制，在審計署發出觀察報告已後，向校董會報告研究院現時情況，而校董會對報告沒有異議。
至於在員工宿舍方面，澳大對審計署的建議「有所保留」。澳門根據法律規定是一所自治機構及擁有財政及財產自主權的公法實體，對制訂內部人員通則享有行政自主權。為員工提供校園內住宿有利於吸納人才，現時未有因為宿舍分配給在澳門擁有物業的教職員，導致其他申請者未能分配到宿舍。
