立法會細則性通過《司法組織綱要法》法案全部條文，多名議員關注到法案所建議由中級法院作為第一審法院以審理涉及主要官員、立法會主席及司法官犯罪的案件，而上述官員亦可就中院的判決向終審法院提出上訴，而涉及行政長官犯罪則維持於終院作一審。直選議員蘇嘉豪、高天賜及區錦新均質疑為何行政長官未能如主要官員般在中級法院進行一審，當中蘇嘉豪及高天賜均指，行政長官也是澳門居民，而上訴權屬於基本人權，而現行修法並未保障行政長官的上訴權。
而區錦新則指，行政長官與司長的官職之間只有「一步之遙」，等於立法會議員與主席之間，質疑政府維持行政長官於終院一審的理據不足，需要拿出更多理據讓社會認同。
行政法務司司長陳海帆表示，上述條文的建議是考慮到行政長官地位的特殊性，因其是特區的首長，維持由終院一審的條文較為合適。她亦指，若要增加終院法官來解決兩審的問題，則至少要增加7名法官，而現時終院每年受理案件111宗，每名法官負責30多宗案件，工作量不足以支持終院法官的增加，且程序複雜及有迴避制度，未必能完全解決兩審、終審的問題，因此要維持相關的規定。
另外，法案建議由中國籍法官及檢察官處理涉及國家安全的案件，蘇嘉豪質疑相關建議是否代表政府不信任外籍法官，以及是否會違反自然法官的原則？陳海帆強調，特別情況下的刑事管轄權是涉及國家統一安全及領土完整的根本利益，本澳有責任確保國家最核心利益。她指，本澳是十分開放的地放，亦是世上極罕有允許外籍法官進入司法體系任職的地區。她反問，若法院不信任外籍法官，為何又聘用他們？強調上述建議非信任問題，而是對國家根本利益作出保留。
