廉署發現存在一系列內部管理以及設備維護的問題。在人事管理方面，廉署發現氣象局負責預報天氣的人員被不停調配到其他附屬單位，有的個案中更出現一年中被調動6次的情況，影響工作的穩定性；領導層以工作已自動化和電腦化為由削減氣象監察中心的值班人員數目，造成預報員在颱風逼近時難以同時應付氣象監察和回覆查詢的工作。
廉署指出，前局長馮瑞權覺得不值得為接聽電話增加人手，認為預報員應先完成氣象監察工作，有空時才接聽查詢電話。在8月22日下午已有預報員提出增加人手，但被副局長梁嘉靜即場否決，認為前線人員只是觀察風速，並非決定懸掛風球，直至8月23日早上才增加了兩名預報員。
廉署亦留意到氣象局設備管理方面的問題，如內聯網斷線比較頻繁，期間無法接收氣象數據；又如氣象局2009年購置的X波段氣象雷達，因故障從2013年起便無法使用，須透過和珠海共建的S波段氣象雷達監察天氣狀況；今年年初購置用於監測大氣污染的激光雷達，在安裝之後發現激光源無法啟動，至今尚未修復。
氣象局的後備發電機在8月23日中午電力供應中斷後因電池故障無法即時啓動，問題要兩小時後才解決，期間需靠不間斷供電系統（UPS）為電腦和伺服器臨時供電，才使到氣象預報工作未受嚴重影響。但有氣象局人員反映，有關系統應該只能供電數十分鐘，8月23當日能堅持供電2小時實屬意外。
另外，氣象局在本澳多處地方設置的氣象監察站停電時會因後備電池故障而無法正常運作，水位監察站和潮汐站由於缺乏足夠的防浸設施，當出現暴雨或較強潮水時，儀器或會因此失靈。
對於氣象局在設備維護管理方面出現的問題，馮瑞權大多表示因主管或工作人員沒向其反映，故此不知情。廉署則批評，公共部門當某些問題重複出現而未得到及時糾正，或某些問題足以令到部門運作出現嚴重後果時，部門的最高負責人必須及時介入、跟進和解決，不能因已向下級授權或問題屬下級職責而將自己置身度外。
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