「跨部門合作」近年已成為政府施政中最常見的口號，幾乎每項重大工作都要以「跨部門」形式進行。公務人員聯合總會舉辦「如何提高政府績效管理」公共行政學術研討會。主講嘉賓、理工學院社會經濟與公共政策研究所副教授鄞益奮表示，政府近年成立不同的跨部門工作小組，種類及數目繁多。然而，跨部門工作小組的成效未如人意，與市民要求存在較大差距。他指出，跨部門小組欠缺統籌，服務效益不明顯。其次，跨部門工作徒有其名，實際上依舊是各自為政、各自管理，看不到合作及聯合的要素。跨部門合作過程的法律法規不完善，亦制約了跨部門合作的成效。
鄞益奮認為，要完善本澳的跨部門合作機制，先要協調部門間的利益關係；建立正式與非正式結構相結合的跨部門協同合作機制；建立橫向及縱向協調相結合的多層次協調機制；增強部門間的合作信任；建立統籌及責任機制，確保跨部門合作成為無中心的合作；推動電子政府服務，簡化程序，理順流程；強化部門間的信息共享，避免信息孤島。又認為應設立監管機制，監察跨部門工作的成效。
