氹仔柯維納交通樞紐模擬圖
輕軌澳門段路線爭議尚未平息，氹仔段又因「百年石屎」用料標準及是否封路施工，運建辦前年與承建商隔空開火，互相指責，工程進度一拖再拖。審計署發表第三份專項審計報告再批運建辦預算失控，工程進度嚴重落後，2013年幾乎原地踏步， 延誤了接近一年。2012年提出的142.73億預算仍未封頂，對比07年的42億大幅超支近3.5倍，以每年建築成本升2至3成計算，保守估計輕軌工程每延後1年至少增加10多億開支。
另外，運建辦的「蠢人合約」沒有訂明承建商的違約補償金，如果動輒打官司才能索償，只會自綁手腳，令承建商有僥倖之心。
審計報告揭露運建辦四宗罪：
1. 預算失控 超支3.5倍未封頂
運建辦指，由於粵澳新通道的設計方案未出台，以及倫敦街路線爭議，輕軌澳門段走線在2013年要再作修改，未有最終定案，難以作出一個準確的估算。2012年提出的142.73億後，當局未來再更新輕軌工程的總預算。審計署批評，運建辦要等到有具體設計才向政府和公眾披露所需成本，是本末倒置的做法，質疑在討論走線階段難道毋須提供初步預算做參考？
報告又指出，若建築成本每年維持2至3成的增長，輕軌第一期澳門段的建築成本，單以2012年9月約46.23億的動態估算，每延後1年便可能增加10多億，有關成本會以複合增長方式累加，同時亦會影響輕軌二期及遠期的成本。審計署認為，倘運建辦對澳門段的時間失去控制，亦即對整個輕軌系統的建築成本失去控制。
2. 管理不善 工程嚴重滯後
輕軌預計開通日期前後調整了15次，累積推遲883天，最新估計氹仔段在2017年9月才可完成。審計署批評，運建辦作為輕軌建設的專責統籌單位，承襲了本澳公共工程一貫以來的管理思維與模式，沒有訂明總體計劃方向，對於工程嚴重延誤採取拖延態度，諮詢工作又引來社會廣泛爭議，與國際上的主流做法顯然脫節，不足以應付當前形勢下的大型建設工程。
3. 億元顧問費 收錢人未齊
運建辦缺乏建設及管理輕軌系統的經驗，故需花費達1.76億澳門元外聘項目管理團隊協助，但運建辦作為專責統籌單位，未有妥善監督駐澳團隊的到位情況。在項目開展首24個月，實際駐澳團隊總人數較計劃要求少2至24人(約6%至45%)不等。
4. 蠢人合約 自綁手腳
審計署又揭露，氹仔各分段的實際施工進度落後三至七成不等，雖然運建辦及監理公司多次發警告信要求承建商跟進，但情況一直未有改善。審計署發現，承建商遲遲未能提交新的施工計劃，運建辦沒有積極跟進，違約罰款也明顯過輕。其中一個土建工程違約個案，承建商每日罰款只是1千澳門元，相對過億元的工程費，罰款比例微不足道，難對承建商起阻嚇作用，促使其按時按質完工。
此外，運建辦現時訂定的合同，並沒有標明「補償性違約金」，雖然政府可按《民法典》追討，但司法訴訟程序繁複冗長，還要投入額外的資源或費用，這可能令承建商存有僥倖之心，認為政府未必會提告索償。而事實上，政府在過往公共工程中亦甚少對簿公堂，向承建商索償。
審計署希望運建辦能吸取教訓，提升自身協調和執行能力，及早提出完整而有效的改善方案，做好工程項目管理，避免繼續「廢時失事」。
