審計署再數運建辦預算失控、監督不力等四宗罪，運建辦在回應審計署時表示，對承建商的罰款是按照延誤工作的價款為基數來計算，視乎金額的大小而按日科處相應罰款，運建辦正處理的一宗個案，所涉及的罰款金額就高達過千萬。
運建辦並不認同在合約設定「補償性違約金」的建議，指由於輕軌項目複雜而龐大，要合理地預視、估算潛在損失並不容易，且合同內要訂定的「補償性違約金」數額並非小額，承建商可能會為此調高投標價，以致推高工程費用，又或者會令投標時出現「更多不確定或不可預見的因素」。因此，運建辦只會在今後的的工程招標項目中，加強罰則的可執行性，以督促承建商按時按質完工。
對於被指預算「無底」，運建辦堅持在走線未定案及未有具體資料的情況下，不更新輕軌項目的整體造價。只根據2012年的估算資料及本地市場過去兩年建才的通漲情況，粗略推算高架走線不同方案約每公里5億元的土建成本金額。
至於億元顧問費，為何顧問公司的人員未有全數到位，運建辦解釋已經引入機制，按每月人員實際的投入情況作出相應的支付。運建辦相信有關機制能夠提高監督的効力及實際的工作成效，有助推進輕軌項目順利建設。
